fhir-research

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.13.15%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22%2C%20app_title%3D%22fhir-research%22)%0A%0Awith%20app.setup%3A%0A%20%20%20%20%23%20Initialization%20code%20that%20runs%20before%20all%20other%20cells%0A%20%20%20%20%23%20test%0A%20%20%20%20pass%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Cholesterol%20Visualization%20with%20Marimo%2C%20Bokeh%20and%20Matplotlib%0A%0A%20%20%20%20This%20notebook%20demonstrates%20generating%20FHIR%20data%20observations%2C%0A%20%20%20%20flattening%20it%2C%20filtering%20for%20cholesterol%2C%20and%20visualizing%20values%20over%20time.%0A%20%20%20%20It%20can%20be%20run%20interactively%20in%20Marimo%20or%20as%20a%20Python%20script%20to%20export%20the%20plot.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20os%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%20%20%20%20import%20argparse%0A%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20bokeh%0A%20%20%20%20import%20matplotlib%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%0A%20%20%20%20if%20%22pyodide%22%20in%20sys.modules%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20micropip%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20alt%2C%20argparse%2C%20bokeh%2C%20matplotlib%2C%20micropip%2C%20os%2C%20pd%2C%20sys%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Aasync%20def%20_(micropip%2C%20mo%2C%20os%2C%20sys)%3A%0A%20%20%20%20module_name%20%3D%20%22fhir_research-0.1.0-py3-none-any.whl%22%0A%20%20%20%20module_path%20%3D%20os.path.join(mo.notebook_location()%2C%20%22public%22%2C%20module_name)%0A%20%20%20%20if%20%22pyodide%22%20in%20sys.modules%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(module_path)%0A%20%20%20%20import%20fhir_research%0A%0A%20%20%20%20return%20(fhir_research%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(fhir_research)%3A%0A%20%20%20%20%23%23%20Data%20Processing%2C%20Inspection%20and%20Visualisaztion%20(Interactive)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Use%20the%20new%20German%20lab%20example%20bundle%0A%20%20%20%20fhir_bundle%20%3D%20fhir_research.examples.fhir_bundle_german_lab_example()%0A%20%20%20%20bundle_dict%20%3D%20fhir_bundle.model_dump()%0A%20%20%20%20df_full%20%3D%20fhir_research.utils.flatten_fhir_bundle(bundle_dict)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Filter%20for%20Cholesterol%2C%20HDL%2C%20and%20Triglycerides%0A%20%20%20%20target_loinc_codes%20%3D%20%5B%222093-3%22%2C%20%222085-9%22%2C%20%222571-8%22%5D%0A%20%20%20%20df_subset%20%3D%20fhir_research.utils.filter_fhir_dataframe(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df_full%2C%20column_name%3D%22code_coding_0_code%22%2C%20codes%3Dtarget_loinc_codes%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(df_subset%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20Filtered%20SubSet%20DataFrame%20(First%205)%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(df_subset%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.ui.table(df_subset.head()%2C%20selection%3DNone)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%23%20Plotting%20Functions%0A%0A%20%20%20%20def%20create_altair_chart(data_frame%3A%20pd.DataFrame)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Creates%20an%20Altair%20chart%20for%20laboratory%20values%20over%20time.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20required_cols%20%3D%20%5B%22effectiveDateTime%22%2C%20%22valueQuantity_value%22%2C%20%22code_coding_0_display%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_frame%20is%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20data_frame.empty%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20not%20all(col%20in%20data_frame.columns%20for%20col%20in%20required_cols)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Data%20for%20Altair%20plot%20is%20empty%20or%20invalid.%20Creating%20empty%20chart.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Return%20an%20empty%20chart%20with%20a%20text%20annotation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20alt.Chart().mark_text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D%22No%20valid%20data%20to%20plot.%20Check%20data%20preparation%20steps.%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20align%3D%22center%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20baseline%3D%22middle%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Laboratory%20Values%20Over%20Time%20(Altair)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3D800%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D400%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart%20%3D%20alt.Chart(data_frame).mark_point().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X('effectiveDateTime%3AT'%2C%20title%3D'Date'%2C%20axis%3Dalt.Axis(format%3D'%25Y-%25m-%25d'))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y('valueQuantity_value%3AQ'%2C%20title%3D'Value%20(mg%2FdL)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'code_coding_0_display%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B'code_coding_0_display'%2C%20'effectiveDateTime'%2C%20'valueQuantity_value'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Laboratory%20Values%20Over%20Time%20(Altair)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3D960%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D600%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).interactive()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20chart%0A%20%20%20%20return%20(create_altair_chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(bokeh%2C%20df_subset%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20def%20create_bokeh_plot(data_frame%3A%20pd.DataFrame)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Creates%20a%20Bokeh%20plot%20for%20laboratory%20values%20over%20time.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20required_cols%20%3D%20%5B%22effectiveDateTime%22%2C%20%22valueQuantity_value%22%2C%20%22code_coding_0_display%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_frame%20is%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20data_frame.empty%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20not%20all(col%20in%20data_frame.columns%20for%20col%20in%20required_cols)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20not%20pd.api.types.is_datetime64_any_dtype(data_frame%5B%22effectiveDateTime%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20not%20pd.api.types.is_numeric_dtype(data_frame%5B%22valueQuantity_value%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Data%20for%20Bokeh%20plot%20is%20empty%20or%20invalid.%20Creating%20empty%20plot.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_empty%20%3D%20bokeh.plotting.figure(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3D800%2C%20height%3D400%2C%20title%3D%22Laboratory%20Values%20Over%20Time%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_empty.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D%5B0%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D%5B0%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D%5B%22No%20valid%20data%20to%20plot.%20Check%20data%20preparation%20steps.%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text_align%3D%22center%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text_baseline%3D%22middle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20p_empty%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p%20%3D%20bokeh.plotting.figure(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x_axis_type%3D%22datetime%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22Laboratory%20Values%20Over%20Time%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3D960%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D600%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x_axis_label%3D%22Date%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y_axis_label%3D%22Value%20(mg%2FdL)%22%2C%20%20%23%20Generic%20Y-axis%20label%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Define%20a%20color%20palette%20for%20multiple%20lines%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20bokeh.palettes%20import%20Category10%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20colors%20%3D%20Category10%5B10%5D%20%20%23%20Palette%20for%20up%20to%2010%20lines%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20grouped%20%3D%20data_frame.groupby(%22code_coding_0_display%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20(analyte_name%2C%20group)%20in%20enumerate(grouped)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20colors%5Bi%20%25%20len(colors)%5D%20%20%23%20Cycle%20through%20colors%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p.line(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dgroup%5B%22effectiveDateTime%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dgroup%5B%22valueQuantity_value%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_label%3Danalyte_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line_width%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dcolor%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p.circle(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dgroup%5B%22effectiveDateTime%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dgroup%5B%22valueQuantity_value%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_label%3Danalyte_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill_color%3D%22white%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20size%3D8%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dcolor%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p.xaxis.formatter%20%3D%20bokeh.models.DatetimeTickFormatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20days%3D%22%25Y-%25m-%25d%22%2C%20months%3D%22%25Y-%25m%22%2C%20years%3D%22%25Y%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p.xaxis.axis_label_text_font_style%20%3D%20%22normal%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p.yaxis.axis_label_text_font_style%20%3D%20%22normal%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p.grid.grid_line_alpha%20%3D%200.3%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p.legend.location%20%3D%20%22top_left%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20p%0A%0A%20%20%20%20create_bokeh_plot(df_subset)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df_subset%2C%20matplotlib%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20def%20create_matplotlib_plot(data_frame%3A%20pd.DataFrame)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20date_column_name%20%3D%20%22effectiveDateTime%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value_column_name%20%3D%20%22valueQuantity_value%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20display_name_column%20%3D%20%22code_coding_0_display%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20It's%20good%20practice%20to%20call%20tight_layout()%20after%20all%20plotting%20elements%20are%20added%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20or%20at%20least%20before%20saving%2Fshowing%20the%20plot%2C%20so%20moving%20it%20later.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20matplotlib.pyplot.tight_layout()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20matplotlib.pyplot.subplots(figsize%3D(10%2C%206))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_title(%22Laboratory%20Values%20Over%20Time%20(Matplotlib)%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_xlabel(%22Date%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_ylabel(%22Value%20(mg%2FdL)%22)%20%20%23%20Generic%20Y-axis%20label%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20required_cols%20%3D%20%5Bdate_column_name%2C%20value_column_name%2C%20display_name_column%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_frame%20is%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20data_frame.empty%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20not%20all(col%20in%20data_frame.columns%20for%20col%20in%20required_cols)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Data%20for%20Matplotlib%20plot%20is%20empty%20or%20invalid.%20Creating%20empty%20plot.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%200.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%200.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22No%20valid%20data%20to%20plot.%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20horizontalalignment%3D%22center%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20verticalalignment%3D%22center%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20transform%3Dax.transAxes%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20grouped%20%3D%20data_frame.groupby(display_name_column)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20analyte_name%2C%20group%20in%20grouped%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20group%5Bdate_column_name%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20group%5Bvalue_column_name%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3D%22o%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linestyle%3D%22-%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Danalyte_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.xaxis.set_major_formatter(matplotlib.dates.DateFormatter(%22%25Y-%25m-%25d%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.tick_params(axis%3D%22x%22%2C%20rotation%3D45)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.grid(True)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend()%20%20%23%20Add%20legend%20to%20display%20labels%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20matplotlib.pyplot.tight_layout()%20%20%23%20Call%20tight_layout%20before%20returning%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%20%20%23%20Always%20return%20the%20figure%20object%0A%0A%20%20%20%20create_matplotlib_plot(df_subset)%0A%20%20%20%20return%20(create_matplotlib_plot%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(create_altair_chart%2C%20df_subset)%3A%0A%20%20%20%20create_altair_chart(df_subset)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(argparse%2C%20create_matplotlib_plot%2C%20df_subset)%3A%0A%20%20%20%20%23%23%20Script%20Execution%20Logic%20(for%20CLI%20export)%0A%20%20%20%20if%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parser%20%3D%20argparse.ArgumentParser(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20description%3D%22Generate%20HDL%20plot%20and%20optionally%20export%20it.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parser.add_argument(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22-o%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22--output-image%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%3Dstr%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20help%3D%22Filename%20to%20save%20the%20plot%20image%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20args%20%3D%20parser.parse_args()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20args.output_image%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20output_path%20%3D%20args.output_image%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Script%20mode%3A%20Saving%20Matplotlib%20plot%20to%20%7Boutput_path%7D...%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20create_matplotlib_plot(df_subset).savefig(output_path)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A